A COMIGO realiza o devido tratamento de seus efluentes resultantes do processo de produção industrial, através de medidas e tecnologias voltadas para este fim. Tal característica compõe um dos princípios da Cooperativa, a responsabilidade ambiental e social. Assim, a melhoria das condições ambientais é uma preocupação permanente da Cooperativa, que busca criar alternativas de redução dos impactos negativos no ecossistema, com ações próprias dentro do seu processo industrial conduzindo programas de gestão, tais como: reuso, redução de perdas e racionalização dos usos hídricos.

A relação da indústria com os recursos hídricos tem mudado significativamente nos últimos anos no Brasil, onde o uso racional da água tornou-se prioridade para as empresas que buscam competitividade e sustentabilidade em seus mercados. Para a COMIGO, esta perspectiva é uma realidade empregada dentro dos processos de refino de óleo de soja, com o desenvolvimento de um eficaz tratamento de efluentes industriais e gestão dos recursos hídricos, visando otimizá-los, e assim, obter um maior equilíbrio ambiental.